实质和目的不同 评估上的折旧，实质是评估建筑物的重置成本至评估基准日的价值减损，即估算由于各种原因造成的建筑物价值的贬值或损失。因此准确地说，估价上的“折旧”不是原本意义上的折旧，而是一种减价修正，其目的是通过这种减价修正求得建筑物在评估基准日的现值。会计上的折旧实质是建筑物这种固定资产的原始成本在产品成本中的分摊，其目的是使该固定资产的原始取得价值，通过折旧这种价值转移（摊销）形式而收回。
年限不同
建筑物耐用年限一般分为自然耐用年限（物理寿命、自然寿命）和经济耐用年限（经济寿命）。前者是指建筑物自建造完成之日起因使用、自然磨损达到不堪使用的年数；后者是指建筑物自建造完成之日起，至建筑物使用收益与其使用成本相抵时点的持续时间。
评估中使用的折旧年限是指建筑物的经济寿命，这一年限的确定，是评估人员亲临估价对象现场，根据建筑物的建成时间，维护、保养、使用情况，地基的稳定性等，观察、鉴定建筑物的实际新旧程度，并结合建筑物使用功能、所处环境以及已使用年数等因素，综合分析确定其折旧年限或成新率，必要时还要考虑土地使用年限对建筑物经济寿命的影响。所以，评估中的折旧年限是一个相对变动（动态）的量，它受建筑物本身的设计和功能、使用和自然磨损、所处区域的环境条件、市场状况以及国家和地区经济政策、法律法规等因素的影响，并随这些因素的变化而改变，具有个别性和特殊性特征。同类型的数宗建筑物，因其所在区位、使用年限、维修保养以及所处环境等的不同，评估中综合确定的折旧年限往往也不同。会计上的折旧年限，是在考虑损耗的同时，也考虑社会技术、财税经济政策和生产力发展水平，且以同类资产中各项资产运转条件均相同的假设条件为前提，确定的适合于同类资产的一个平均年限。因此会计上的折旧年限是对某一类资产作出的会计处理的统一标准，是一种高度集中的理论系数或常数，对于该类资产中的每一项资产具有普遍性、统一性和法定性。同类型的建筑物，无论其所在地如何，也不论其使用、维修保养以及所处环境如何等，会计核算中均适用同一个相对稳定的法定年限。
考虑价值损耗的因素不同
资产评估和会计上确定折旧年限所考虑的损耗都包括有形折旧（物质折旧）和无形折旧，一般而言，无形折旧（无形损耗）包括功能折旧和经济折旧。会计上的折旧主要包括物质折旧和功能折旧，即主要考虑了有形折旧及无形折旧两种形式中的一种-功能折旧。而功能折旧仅是无形折旧的一种形式，不是无形折旧的全部。评估中确定折旧额或成新率时，所考虑的价值损耗因素不但包括物质折旧和功能折旧，还包括经济折旧，即评估中的折旧包括有形折旧和全部无形折旧。因此，经济折旧是评估过程中特有的一种折旧形式。
市场化程度要求不同
在资产评估中，折旧的基数是评估对象建筑物在评估基准日的重置成本，评估基准日不同，评估对象建筑物的重置成本也不同，即同一建筑物的重置成本往往随时间不同而不同；会计上的折旧基数为建筑物这种固定资产的原始取得价值，即资产原值，该资产原值一经发生，在此后折旧年限内始终以它为基数计算折旧，不随时间变化而变化。与此相对应，评估上，建筑物的重置成本与所求得的累计折旧额之间的差额称为资产的实际价值，这一实际价值必须与该建筑物在评估基准日的市场价值一致；会计上资产原值与所提取的累计折旧额的差额称为资产的账面价值（或折余价值），这一价值不必于市场价值一致。
正是由于上述原因，现实中常会出现这样的情况：有些建筑物资产，尽管会计账目显示其折旧尚未提完，但评估的结果却表明其现时价值已所剩无几；而有些建筑物资产，在会计账目上折旧已经提完，但评估结果却显示其仍有较大的价值。这种情况往往也是评估委托方（特别是企业）感到迷惑不解的原因所在。
确定折旧时对维修费用的处理方法不同
建筑物因使用、自然等原因，往往会造成建筑物的破损，于是就有了为保持其正常运转和使用，充分发挥其使用效能的维护和修理；为了改进其性能、质量甚至延长其使用寿命的改良（改建、扩建）。以经济上是否合理为标准，对建筑物的损耗分为可修复损耗和不可修复损耗两部分。可修复损耗是指为了对各种原因引起的建筑物损耗进行修复，所投入的成本小于或等于修复后建筑物价值的增加，或小于或等于所得到的收益回报。反之为不可修复损耗。评估中确定折旧、成新率和折旧年限，大多数情况下考虑的是为了保证建筑物资产的正常使用为前提的可修复损耗，也即更注重资产使用的实际效能。既可以根据建筑物维修保养好坏情况等各种因素，确定折旧年限或成新率；也可以对可修复损耗直接估算其修复所需费用，将此费用作为建筑物折旧额或以此作为确定建筑物综合成新率的依据。会计上则根据建筑物资产是维修还是改良，分别作为收益性支出或资本性支出，按规定在相应的会计科目进行核算。
